Odabir odgovarajućeg magnetnog separatora zahtijeva razmatranje više faktora, uključujući svojstva materijala, kapacitet obrade, tačnost odvajanja i radno okruženje. Na primjer, za fino-magnetne materijale treba odabrati magnetni separator sa velikom jačinom magnetnog polja i velikim gradijentom; za aplikacije s velikim obimom obrade treba odabrati kompaktnu strukturu i visok kapacitet obrade.
Održavanje magnetnog separatora je jednako važno. Redovno čišćenje krhotina i prašine unutar separatora, provjera jačine i ujednačenosti magnetnog polja i pravovremena zamjena istrošenih dijelova su ključ za osiguravanje dugotrajnog-stabilnog rada magnetnog separatora.
